Kata mutiara Habib Al-bagir bin Alwy bin yahya;

"Dalam setiap cobaan, Ambilah Hikmah dengan berfikir mungkin dengan cobaan ini kau menjadi lebih baik.dan janganlah putus asa dari rahmat Allah", Al-Habib Muhammad Albagir bin alwy bin yahya.

"Bila kau tidak bisa memberikan pengaruh baik pada Orang Lain, maka janganlah kau tanamkan sifat keburukan dihati mereka", Al-Habib Muhammad Albagir bin alwy bin yahya.

"Kesalahan yang pernah kita lakukan itu mengajarkan kita untuk melakukan hal yang benar setelahnya", Al-Habib Muhammad Albagir bin Alwy bin yahya.

"Tidak ada orang yang bisa memahamimu kecuali dua orang;
1. Orang yang pernah mengalami hal yang sama denganmu.
2. Orang yang sangat mencintaimu", Al-Habib Muhammad Albagir bin alwy bin yahya.

"Lakukan kebaikan sekecil apapun, karena kita tidak pernah tau kebaikan apa yang bisa membawa kita masuk kedalam syurga", Al-Habib Muhammad Albagir bin alwy bin yahya.

"Jika tidak bisa berucap kata cinta dan kasih sayang, jangan sampai kita berucap yang menjadi benci", Al-Habib Muhammad Albagir bin alwy bin yahya.

"Apabila engkau ingin menasehati Orang maka dasarilah dengan sifat kasih sayang jangan dengan sifat kebencian", Al-Habib Muhammad Albagir bin alwy bin yahya.

"Rasulullah saw bersabda; Paling baiknya manusia adalah manusia yang bermanfaat bagi manusia yang Lain", Al-Habib Muhammad Albagir bin alwy bin yahya.

_Saat orang lain salah faham tentang dirimu sedang kamu tidak mampu untuk menjelaskannya. Maka suatu hal yang mungkin bisa menghiburmu.
"Sesungguhnya Aku tidak akan dihisab oleh Allah karena prasangka buruk mereka. Tapi aku akan diadili oleh Allah atas segala perbuatanku.